ここでは、早稲田アカデミーの主な設置クラスを紹介します。
いわゆる通中のカリキュラムの通常授業は、学力別編成で、
早稲田アカデミー中１
◆Ｓクラス 選抜コース 英数国３科（開成・国立附属・早慶附属向け）
◆Ｒクラス レギュラーコース 英数国３科
※理科社会は、選抜クラス・レギュラークラス共通
早稲田アカデミー中２
◆Ｔクラス 特訓コース 英数国３科（開成・国立附属・早慶附属向け）
◆Ｒクラス レギュラーコース 英数国３科
◆理社クラス 特訓コース・レギュラーコース
早稲田アカデミー中３
◆Ｔクラス 特訓コース 英数国３科（開成・国立附属・早慶附属向け）
◆Ｒクラス レギュラーコース 英数国３科
◆理社クラス 特訓コース・レギュラーコース
となっています。早稲田アカデミーでは、これ以外に、選択・特別講座も設置されています。主な選択・特別講座は以下のとおり。
◆内申アップシステム （中1・2・3 年生対象）
各校毎に該当地域の中学における定期テストの問題を入手・分析し、各中学での出題傾向をリアルタイムに反映した「定期テスト対策講座」
◆日曜特訓講座 （中1・2・3 年生対象）
一回合計５時間の弱点単元集中特訓。
◆中１エリート特訓（開成・国立附属向け）
◆中２スーパーエリート特訓・エリート特訓（開成・国立附属・早慶向け）
◆中３日曜特訓
中１から学んできた単元の中から、高校入試に即応する出題形式に合わせて、該当単元の理解を実戦的な得点力の強化と共に目指す。英語・数学が対象。
◆作文講座 （中3対象）
開成の記述、慶應女子の600字作文、慶應志木の300字作文、早大学院の1200字小論文などへの対応を目指す。
これら以外に、中３生を対象に、4月から7月に必勝Ｖコース、9月?1月まで必勝志望校別コース、土曜集中特訓コースがある。